Análisis de datos transcriptómicos
Kallisto + DESeq2 + topGO
bioinformatics
bulk-RNA-seq
Clases para los alumnos de Ciencias Genomicas de la UNAM dentro del programa Bioinformatica y estadistica 2
Información general
- Fechas: 21 al 24 de febrero, 2023.
- GitHub: RNAseq_classFEB2023
- Especie: Arabidopsis thaliana
- Pipeline: Pseudoalineamiento y conteo con Kallisto + DESeq2 + topGO
Plan de estudios
- Dia 1. Aspectos generales de RNA-Seq | 21 febrero | Presentación | Práctica
- Dia 2. Diversos pipeline para Alineamiento, ensamblaje y conteo | 22 febrero | Presentación | Práctica
- Dia 3. Importar datos en R, Normalización y Corrección por batch / DEG con DESeq2 | 23 febrero | Presentación | Práctica
- Dia 4. GSEA - Análisis funcional | 24 febrero | Presentación | Práctica