Análisis de datos transcriptómicos

STAR o Kallisto + DESeq2 + g:Profiler2

bioinformatics
bulk-RNA-seq
2026
Clases para los alumnos de Ciencias Genomicas de la UNAM dentro del programa Bioinformatica y estadistica 2
Author

Evelia Coss

Published

February 14, 2026

Información general

  • Fechas: 14, 16, 21, 23, 28, 30 de abril, 2026.
  • GitHub: RNAseq_classFEB2026
  • Especie: Homo sapiens

Pipelines:

  1. Alineamiento y conteo con STAR + DESeq2 + g:Profiler2
  2. Pseudoalineamiento y conteo con Kallisto + DESeq2 + g:Profiler2
  3. Nexflow: rnaseq-nf

Plan de estudios

  • Dia 1. Aspectos generales de RNA-Seq / Control de calidad de los datos | 14 abril | Presentación
  • Dia 2. Diversos pipelines para Alineamiento, ensamblaje y conteo de reads | 16 abril | Presentación
  • Dia 3. Importar datos en R, Normalización y Corrección por batch effect | 21 abril | Presentación
  • Dia 4. DEG con STAR y DESeq2 | 23 abril | Presentación
  • Dia 5. DEG con kallisto y DESeq2 | 28 febrero | Presentación
  • Dia 6. GSEA - Análisis funcional de los genes diferencialmente expresados | 30 febrero | Presentación
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